Diseño in silico de un microarreglo para el estudio de comunidades microbianas del Golfo de México

Abstract

RESUMEN: Debido al derrame de petróleo suscitado la plataforma Deepwater Horizon del pozo Macondo en las aguas profundas del Golfo de México, se sabe que la composición microbiana de ese ecosistema fue modificada. Con el fin de conocer la composición bacteriana más reciente en este y otros sitios similares, el presente trabajo propone el diseño de un microarreglo que contenga sondas capaces de identificar a un grupo específico de bacterias y a partir de esta información inferir el potencial de una comunidad microbiana de degradar hidrocarburos en las distintas condiciones que prevalecen en los ecosistemas marinos. Para lograr el objetivo de diseñar el microarreglo in silico, se descargaron los genomas completos y disponibles de 24 familias bacterianas seleccionadas por tener miembros que habitan ambientes marinos y/o son capaces de consumir hidrocarburos con base en lo reportado en la literatura. Tomando como base estos genomas, un microarreglo ya existente (UFC 13mer) y algunos de los parámetros generales para diseñar microarreglos como el GeoChip o el Phylochip, se seleccionaron dos grupos de secuencias uno con 1820 y otro con 858, después de ser sometidas a una serie de análisis bioinformáticos. Los dos conjuntos de secuencias son capaces de identificar a las 24 familias bacterianas seleccionadas en cualquier muestra metagenómica. Aunque el conjunto más pequeño es también el más específico, se decidió conservar ambos ya que al tener más sondas estas podrían ser capaces de identificar a otros miembros de las 24 familas que no formaron parte de este proyecto.